La ciudad de Pasto tiene una fuerte presencia católica y cuenta con numerosos templos y parroquias, incluyendo la Catedral de Pasto. Además, hay otras iglesias cristianas como la Iglesia Cristiana de los Hechos y la Iglesia de Dios Ministerial de Jesucristo Internacional, así como una minoría musulmana de inmigrantes.

La Diócesis de Pasto incluye otros municipios y tiene una población de 730.000 feligreses. En la ciudad hay templos que datan de la Colonia, con decoración religiosa de gran valor artístico, como las iglesias de San Juan Bautista, La Merced, Cristo Rey, San Agustín, San Felipe, Santiago y San Andrés, entre otras.

También hay cerca de 30 comunidades religiosas cristianas en el municipio, algunas desde la época colonial, como la Congregación de Hermanas Franciscanas de María Inmaculada, la comunidad de los Jesuitas y la comunidad de los Oratorianos.

Aunque la religión predominante en la región es la católica, también hay iglesias protestantes como la Iglesia Cristiana de los Hechos, Asambleas de Dios, la Iglesia de Dios Ministerial de Jesucristo Internacional, la Iglesia de los Santos de Últimos Días (mormones), los Testigos de Jehová, entre otras, que cuentan con sus propios lugares de culto.

Por otro lado, la minoría musulmana se compone principalmente de inmigrantes procedentes de Palestina, Líbano y Siria, que se han asentado en la región desde mediados del siglo XX.